灵活就业人员缴纳的五险一金和单位缴纳的主要有以下区别：
缴纳险种
灵活就业人员：一般只能缴纳养老保险和医疗保险，少部分地区可参加失业保险。单位职工：参加的是 “五险”，包括养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险和失业保险。缴费基数
灵活就业人员：通常在当地上年度社会平均工资的一定比例范围内选择，如 40%-100%，也有部分地区是 60%-300%。单位职工：按本人上年度月平均工资为基数，工资低于当地平均工资 60% 的按 60% 计算，高于 300% 的按 300% 计算。缴费比例
灵活就业人员：养老保险缴费比例一般为 20%；医疗保险各地不同，以当地上年度城镇在岗职工月平均工资的一定比例缴纳，如 4.2% 或 8% 等。单位职工：养老保险公司承担 16%，个人承担 8%；医疗保险公司承担 8%-10%，个人承担 2% 左右。缴费主体与负担方式
灵活就业人员：由个人全额承担所有费用。单位职工：由单位和职工共同承担，单位承担大部分，职工承担小部分。缴纳方式与时间
灵活就业人员：可自行前往社保经办机构办理参保登记和缴费手续，缴纳时间较为灵活，可以选择按月、按季或按年缴纳，但一般不能跨年缴纳。单位职工：由公司人事统一办理参保登记和缴费手续，费用从员工工资中扣除，必须按月按时足额缴纳。退休年龄
一般来说，单位女职工退休年龄相对灵活就业女性可能会早一些，通常单位女工人是 50 周岁，女干部是 55 周岁，而灵活就业女性大多是 55 周岁。不过推动渐进式延迟退休以后，两者之间的退休年龄差距将逐渐缩小。
在住房公积金方面，灵活就业人员和单位职工也存在一些区别：
缴存主体与方式：灵活就业人员只能汇缴当月住房公积金，不能补缴，且一般通过绑定银行卡的 “自动托收” 或 “手动托收” 方式汇缴；单位职工由单位统一缴存，可补缴。
缴存比例：灵活就业人员缴存比例不低于 10%，不高于 24%，应为 2% 的整数倍；单位及职工缴存比例下限一般为 5%，上限为 12%，同一单位应执行同一缴存比例，且单位和职工的缴存比例应一致。提取与贷款：灵活就业人员提取一般更自由，如部分地区规定没有未结清住房公积金贷款的，可随时无条件部分提取或销户全额提取；贷款方面，部分地区会考虑灵活就业人员每月缴存金额相对灵活的特点，在认定可贷金额和月还款能力时有特殊规定。
