首先要在南京建立社保账户和住房公积金账户，经南京的社保机构和住房公积金管理机构同意后，去上海的社保机构和住房公积金管理机构办理跨省转出手续，然后凭社保和住房公积金转出证明和相关资料分别去南京的社保机构和住房公积金转入，接续前后关系。另外，有的地区允许在工作调动时将住房公积金余额一次全部取出，如果上海地区允许这样做，您也可以将上海的住房公积金直接取出来，不办理转移。